Do pred kratkim stabilen zakon hollywoodskega režiserja Davida Lyncha je razpadel zaradi nepremostljivih razlik, zaradi katerih je njegova žena Emily Stofle vložila zahtevo za ločitev. Ameriška igralka, ki jo je spoznal leta 2006 na snemanju njegovega trilerja Inland Empire, je prosila sodišče, da ji dodeli izključno pravno in fizično skrbništvo nad njuno 11-letno hčerko Boginio, tako bi 77-letni režiser imel pravico kadar koli obiskati svojo hčerko. Igralka je režiserjeva četrta žena. Pred tem je bil poročen s slikarko Peggy Lynch (1967–1974), samozavestno Mary Fisk (1977–1987) ter režiserko in pisateljico Mary Sweeney (2006–2007). Štiri leta je bil tudi v razmerju z italijansko igralko Isabello Rossellini, potem ko sta se sredi 80. let prejšnjega stoletja spoznala na snemanju kultnega filma Modri ​​žamet. Ko je leta 2018 v intervjuju za The Guardian govoril o sebi, je razkril, da zato, ker daje vedno prednost delu, ni bil vedno zelo dober mož in oče. V prejšnjih zakonih je imel tri otroke. V prvem zakonu se mu je rodila 55-letna hči Jennifer, tudi režiserka. Sina Austina, 41-letnega igralca, je rodila njegova druga žena Mary, medtem ko se je 31-letni glasbenik Riley rodil v režiserjevem tretjem zakonu z Mary Sweeney.