A njegovo uživanje ima lahko tudi kar nekaj stranskih učinkov, še posebej, če ga uživamo v večjih količinah. Še posebej naj bodo pazljivi pri uživanju bolniki z gastroparezo (motnja praznjenja želodca), slabostjo, z občutljivo oz. slabo ali že uničeno zobno sklenino.

Z uživanjem jabolčnega kisa pa morate biti previdni tudi, če uživate zdravila za diabetes ali diuretike. Z uživanjem jabolčnega kisa začnite postopoma, z manjšimi dozami in jih postopoma dvigujete na največ 30 ml dnevno.

Kis pijte razredčen z vodo, po možnosti preko slamice, da obvarujete sklenino pred kislino. Po pitju kisa, usta sperite z vodo in počakajte z umivanjem zob vsaj 30 minut. Če opazite morebitne stranske učinke, z uživanjem takoj prenehajte.